Trường Đại học Vinh Tạp chí khoa học, Tập 46, Số 4A (2017), tr MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN ĐÀN CÁ TRA SỬ DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ CYTO

Bản ghi

1 MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN ĐÀN CÁ TRA SỬ DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ CYTOCHROME B Trần Thị Thúy Hà (1), Nguyễn Thị Hương (1) Ngô Phú Thảo (1), Trần Nguyễn Ái Hằng (2) 1 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I 2 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II Ngày nhận bài 19/10/2017, ngày nhận đăng 25/02/2018 Tóm tắt: Nghiên cứu này sử dụng trình tự gen cytochrome b để tìm hiểu đa dạng và cấu trúc di truyền của một số quần đàn cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) thu tại Đồng bằng sông Cửu Long. Kết quả cho thấy tổng số 13 haplotype xuất hiện trong 60 trình tự thuộc 03 quần đàn cá nuôi và 03 quần đàn cá tự nhiên. Mức độ đa dạng haplotype và đa dạng nucleotide của các quần đàn cá Tra đƣợc nghiên cứu lần lƣợt dao động trong khoảng từ 0,356±0,159 đến 0,867±0,08 và từ 0,00091±0,00041 đến 0,00924±0, Khoảng cách di truyền giữa các đàn cá Tra thấp và không có sự khác biệt di truyền đáng kể giữa nhóm quần đàn cá Tra thu từ tự nhiên và nhóm quần đàn cá Tra nuôi. 1. MỞ ĐẦU Cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) đƣợc nuôi phổ biến ở hầu hết các nƣớc Đông Nam Á, trong đó có Việt Nam. Việc sản xuất và cung ứng giống cá Tra tại các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long phần lớn vẫn mang tính tự phát, thiếu sự phù hợp giữa số lƣợng và chất lƣợng con giống. Bên cạnh đó, phả hệ cũng nhƣ cấu trúc đa dạng di truyền của các đàn cá bố mẹ chƣa đƣợc các trại sản xuất thực sự quan tâm [2]. Đây là một trong những nguyên nhân chính dẫn đến sự suy giảm chất lƣợng con giống nhƣ sinh trƣởng chậm, tỷ lệ dị hình cao. Thêm vào đó, các nghiên cứu về đa dạng di truyền và cấu trúc quần đàn cá Tra ở hạ lƣu sông Mekong còn hạn chế và thiếu sự kết nối [6]. Việc đánh giá đa dạng di truyền cá Tra giúp định hƣớng quản lý tốt và nâng cao chất lƣợng di truyền đàn cá bố mẹ phục vụ phát triển bền vững đối tƣợng thủy sản là cần thiết. Trong những năm gần đây, một số chỉ thị nhƣ COI, D-loop, cytochrome b (Cyt b) thuộc hệ ADN ty thể đƣợc sử dụng để tìm hiểu về quan hệ di truyền phân loại và định danh các loài với nhiều ƣu điểm. ADN ty thể có tỷ lệ đột biến cao hơn 5-10 lần so với hệ gen trong nhân, đặc biệt hơn cả là vùng D-loop (displacement loop) hay còn gọi là vùng điều khiển của ADN ty thể có tỷ lệ thay đổi rất cao. Phân tích haplotype trong vùng D- loop này là công cụ hữu dụng để đánh giá đa dạng di truyền [12]. Đây là vùng không dịch mã, chứa các trình tự khởi đầu cho quá trình tái bản và các trình tự điều hòa quá trình phiên mã của các gen trong vùng mã hóa. Tốc độ đột biến cao dẫn đến nhiều biến dị trong ty thể, không chỉ giữa các loài mà còn xảy ra ngay cả trong cùng một loài. Ngoài ra, Cyt b cũng là vùng đƣợc sử dụng cho nghiên cứu đa dạng di truyền, đặc biệt là trong cùng một loài. Nổi bật là các nghiên cứu sử dụng vùng gen Cyt b nhƣ nghiên cứu về loài Coilia ectenes thuộchọ cá Cơm Engraulidae [8]. Các nghiên cứu đều cho kết quả chỉ số về happlotype cao và đƣa ra đánh giá vùng gen Cyt b rất thích hợp để phục vụ nghiên cứu về đa dạng di truyền.. thuyha@ria1.org (T. T. T. Hà) 21

2 T. T. T. Hà, N. T. Hương, N. P. Thảo, T. N. Á. Hằng / Mức độ đa dạng di truyền của một số quần đàn Trong nghiên cứu này, chúng tôi đánh giá haplotype của vùng gen Cyt b thuộc ADN ty thể để đánh giá đa dạng di truyền và xác định cấu trúc di truyền của một số quần thể cá Tra (P. hypophthalmus) ở Đồng bằng sông Cửu Long. Kết quả nghiên cứu sẽ góp phần giúp định hƣớng quản lý nguồn lợi, bảo tồn nguồn gen cũng nhƣ các hoạt động thủy sản khác đối với cá Tra phục vụ phát triển bền vững. 2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Vật liệu nghiên cứu Mẫu vây cá Tra (P. hypophthalmus) phục vụ nghiên cứu đƣợc thu thập từ 6 quần đàn (10 mẫu/quần đàn) ở các tỉnh Bến Tre, Tiền Giang, An Giang và Sóc Trăng, đƣợc chia thành 2 nhóm: nhóm mẫu thu từ cá sông/tự nhiên (cá tự nhiên) và nhóm mẫu thu từ cá ở các trung tâm, trại sản xuất (cá nuôi). Chi tiết về các quần đàn và địa điểm thu mẫu đƣợc trình bày tại bảng 1 và hình 1. Bảng 1: Danh sách địa điểm thu mẫu vây cá Tra STT Nhóm Kí hiệu quần đàn Địa điểm thu Thời gian thu mẫu 1 Cá nuôi P. Bến Tre 2 Cá nuôi P. Viện 2 3 Cá nuôi P. An Giang 4 Cá tự nhiên N. Bến Tre 5 Cá tự nhiên N. Sóc Trăng 6 Cá tự nhiên N. An Giang Trại cá Châu Hƣng, xã Châu Hƣng huyện Bình Đại, Bến Tre Trung tâm Quốc gia giống Thủy sản nƣớc ngọt Nam Bộ, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II, Tiền Giang Trại cá Vĩnh Hạnh, Tri Tôn, An Giang Sông Cổ Chiên, Mỏ Cày Nam, Xã Thành Thới B, Bến Tre Ấp Chợ, xã Trung Bình, huyện Trần Đề, tỉnh Sóc Trăng Phà Ô Môi, phƣờng Mỹ Long, Long Xuyên, An Giang 04/11/ /2/ /10/ /8/ /7/ /9/

3 Hình 1: Bản đồ địa điểm thu mẫu Các chữ số trên bản đồ tƣơng ứng với số thứ tự của địa điểm thu mẫu tại bảng Phương pháp nghiên cứu Tách chiết ADN tổng số ADN tổng số của 60 mẫu cá Tra đƣợc tách chiết theo phƣơng pháp kết tủa muối. Nồng độ và chất lƣợng của các mẫu ADN sau khi tách chiết đƣợc điện di kiểm tra trên gel argarose 0,8% và đo trên máy NanoDrop 2000C (Thermo Scientific). Khuếch đại trình tự Cyt b bằng PCR Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã sử dụng cặp mồi L14735 (mồi xuôi) và H15149ad (mồi ngƣợc) (bảng 2) đƣợc thiết kế lần lƣợt bởi Russell [10] và Wolf [13] để khuếch đại đoạn gen vùng Cyt b. Bảng 2: Thông tin trình tự mồi Mồi Trình tự nucleotide (5-3 ) L14735 (mồi xuôi) 5 AAAAACCACCGTTGTTATTCAACTA 3 H15149ad (mồi ngƣợc) 5 GCICCTCARAATGAYATTTGTCCTCA 3 Phản ứng PCR đƣợc thực hiện với tổng thể tích 20 µl bao gồm: 0,5 µl Tris HCl (100 mm, ph 8,3); 0,5 µl KCl (500 mm); 0,5 µl MgCl (25 mm); 0,5 µl dntps (5 mm); 0,5 µl mỗi loại mồi ngƣợc và mồi xuôi (10 pm/µl) và 1U/ µl Taq Polymerase; 2 µl ADN khuôn (~ 100 ng/µl) và nƣớc đề ion. Điều kiện phản ứng đối với 1 chu kỳ nhân đoạn gen 23

4 T. T. T. Hà, N. T. Hương, N. P. Thảo, T. N. Á. Hằng / Mức độ đa dạng di truyền của một số quần đàn thuộc vùng Cyt b: 94 C trong 3 phút; 35 chu kỳ (94 C trong 30 giây, 52 C trong 40 giây, 72 C trong 45 giây); hoàn thiện các sản phẩm khuếch đại ở 72 C trong 10 phút và giữ ở 4 C. Tinh sạch và giải trình tự Sản phẩm PCR đƣợc điện di trên gel agarose 2% để kiểm tra kết quả. Sau đó, mẫu đƣợc tinh sạch bởi kit Expin TM PCR SV của hãng GeneAll và đƣợc giải trình tự tại Công ty First BASE Laboratories Sdn Bhd, Malaysia. Sản phẩm tinh sạch đƣợc gắn nhãn bằng bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing it. Trong hỗn hợp phản ứng 10 µl có chứa: 4,94 µl nƣớc tinh khiết, 1,94 µl BigDye buffer 5X (400 mm Tris-HCl ph 9,0 và 10 mm MgCl2), 0,12 µl Bigdye Terminator và 1,0 µl sản phẩm ExoSAP. Phần mềm Genomelab system đƣợc sử dụng để tạo các file trình tự và đọc chiều dài liền kề. Phương pháp xử lý số liệu Các trình tự gen đƣợc kiểm tra chất lƣợng bằng phần mềm FinchTV ( Tiếp theo, các trình tự này đƣợc so sánh và căn chỉnh bởi ClustalW trong phần mềm BioEdit [5]. Phần mềm ADN sp v5.0 đƣợc sử dụng để xác định chỉ số đa dạng di truyền (Haplotype diversity - Hd) và đa dạng nucleotide (Nucleotide diversity - π). Phân tích khoảng cách di truyền giữa các quần đàn bằng phần mềm MEGA 6.0 [11]. Mạng lƣới phân bố haplotype sau đó đƣợc xây dựng bằng phần mềm Network [1]. 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1. Kết quả tách chiết ADN từ mẫu vây cá Tra và PCR khuếch đại gen Cyt b Tổng số 60 mẫu đƣợc tách chiết và kết quả kiểm tra cho thấy ADN thu đƣợc đạt hàm lƣợng cao, các băng sáng và rõ nét. Hình 2 minh họa về kiểm tra kết quả tách chiết ADN của một số mẫu cá Tra trong nghiên cứu này. bp ADN hệ gen cá Tra Hình 2: Điện di đồ ADN hệ gen của cá Tra trên ge agarose 0,8 Đường chạy 1 đến 10: Tương ứng với ADN của các mẫu ký hiệu P. Ben Tre 1 đến 10; Đường chạy M: ADN chuẩn 1 kb (Fermentas) Kết quả kiểm tra sản phẩm PCR cho thấy băng sản phẩm duy nhất, kích thƣớc đoạn gen đƣợc khuếch đại nằm trong khoảng phù hợp ( bp) với nghiên cứu của Russell [10]. và Wolf [13]. Nhƣ vậy, chiều dài của đoạn gen Cyt b của một số mẫu cá 24

5 Tra đƣợc khuếch đại phù hợp với kích thƣớc mong đợi và đáp ứng chất lƣợng cho các bƣớc phân tích tiếp theo. Hình 3 thể hiện kết quả điện di sản phẩm PCR một số mẫu của đoạn gen Cyt b. bp Sản phẩm PCR Hình 3: Điện di đồ sản phẩm PCR của cá Tra với cặp mồi L14735 và H15149ad trên gel argarose 2% Đường chạy 1 đến 8: tương ứng với sản phẩm PCR của các mẫu ký hiệu P. Ben Tre 1 đến 8; Đường chạy 9 đến 16: tương ứng với sản phẩm PCR của các mẫu ký hiệu N. Ben Tre 1 đến 8; Đường chạy M: ADN chuẩn 100 bp (Fermentas) Kết quả phân tích đa dạng Trƣớc khi tiến hành phân tích đa dạng di truyền, tất cả trình tự gen Cyt b DNA ty thể của 60 mẫu đều đƣợc xác minh lại bằng cách so sánh với trình tự của gen Cyt b tƣơng ứng trên Genbank. Kết quả cho thấy các mẫu trong nghiên cứu này thuộc loài cá Tra Pangasianodon hypophthalmus với độ tƣơng đồng lên đến % (bảng 3). Các trình tự đã đƣợc đăng k trên CSDL NCBI có mã số từ KY đến KY Bảng 3: Mức độ tương đồng trình tự đoạn gen KY trong nghiên cứu với 10 trình tự gen Cyt b của Pangasianodon hypophthalmus trên Ngân hàng Gen thế giới STT Loài Gen Mã số Kích thước gen (bp) Query Cover (%) Tỷ lệ (%) nucleotide tương đồng Vị trí địa lý 1 P.hypophthalmus cytb KM % 99% Ấn Độ 2 P.hypophthalmus cytb KM % 99% Ấn Độ 3 P.hypophthalmus cytb GU % 99% Italy 4 P.hypophthalmus cytb KM % 99% Ấn Độ 5 P.hypophthalmus cytb KJ % 99% Philipin 6 P.hypophthalmus cytb KJ % 99% Philipin 7 P.hypophthalmus cytb JN % 99% Trung Quốc 8 P.hypophthalmus cytb AY % 99% Trung Quốc 9 P.hypophthalmus cytb DQ % 99% Anh 10 P.hypophthalmus cytb AY % 99% Mỹ Sau khi xử lý, chiều dài của đoạn gen Cyt b đạt 393 bp đƣợc phân tích. Kết quả cho thấy tỷ lệ trung bình của bốn loại nucleotide ở tất cả 60 mẫu thuộc 6 quần đàn cá Tra 25

6 T. T. T. Hà, N. T. Hương, N. P. Thảo, T. N. Á. Hằng / Mức độ đa dạng di truyền của một số quần đàn là A: 27,8%; T: 31,9%; G:14,6%; C: 25,7%. Trong nghiên cứu này, tổng số 13 haplotype đƣợc xác định, nhiều hơn số haplotype theo [3] đã báo cáo trên cá Tra. Trong đó, số lƣợng haplotype cao nhất đƣợc tìm thấy trên hai quần đàn cá Tra P. An Giang, N. An Giang và thấp nhất ở quần đàn cá Tra P. Bến Tre (bảng 3). Tƣơng tự, hệ số đa dạng haplotype của mỗi quần đàn biến động từ 0,356±0,159 (P. Bến Tre) đến 0,867±0,085 (N. An Giang). Đối với đa dạng nucleotide, mức dao động từ 0,00091±0,00041 đến 0,00924±0,00267, cao nhất là quần đàn P. An Giang và thấp nhất là quần đàn P. Bến Tre Hap1...C... Hap2...C...G... Hap3...C...G...A... Hap4...T... Hap5...C Hap6...T... Hap7...ATA...A... Hap8...T...A... Hap9...A... Hap10...C Hap11...A... Hap12.C Hap13...G...A. Hình 4: Vị trí các haplotype khác nhau của các quần đàn cá Tra nghiên cứu Chú thích: Các số (90, 100, 110 ) thể hiện độ dài của đoạn gen nghiên cứu với đơn vị là bp; Các dấu chấm ở các hàng thể hiện sự đồng nhất về trình tự nucleotide của hàng trên và hàng dưới; Các chữ (C, G, ) thể hiện các nucleotide khác nhau tại cùng vị trí. Đa dạng haplotype (Hd) là chỉ số đánh giá mức độ xuất hiện kiểu đơn bội trong một quần thể. Hd = 1 khi toàn bộ cá thể trong quần thể có kiểu đơn bội khác nhau. Đa dạng nucleotide (π) là chỉ số thể hiện giá trị trung bình tỷ lệ sai khác nucleotide giữa các 26

7 cặp trình tự so sánh trong mỗi khảo sát. Trung bình hệ số đa dạng haplotype cao (0,713±0,00202) và đa dạng nucleotide đạt mức thấp (0,00408±0,00084). Theo nghiên cứu của So Nam [9], trên 82 mẫu của các quần đàn cá Tra tự nhiên thu tại 5 khu vực trên hệ thống sông MeKong thuộc Campuchia, xuất hiện 7 haplotypes DNA ty thể đƣợc phát hiện, đa dạng dạng haplotype trung bình là 0,499 (từ 0,295 đến 0,674) và sự đa dạng nucleotide trung bình là 0,022 (từ 0,009 đến 0,048). Trong nghiên cứu này, trung bình đa dạng haplotype cao hơn (0,713 so với 0,499), trong khi còn lại trung bình đa dạng nucleotide lại thấp hơn (0,00408 so với 0,022) so với kết quả nghiên cứu của [9]. Cũng trên đoạn gen Cyt b, với số mẫu của mỗi quần đàn tƣơng tự nghiên cứu của chúng tôi, nghiên cứu [7] về đa dạng di truyền cá lóc (Channa marulius) tự nhiên thu tại 03 khu vực ở Ấn Độ cho thấy có tổng số 5 haplotype, trung bình đa dạng haplotype và đa dạng nucleotide lần lƣợt là 0,763 và 0,0128. Theo [4] thì đa dạng di truyền (haplotype, nucleotide) của quần thể có thể bị ảnh hƣởng bởi một loạt các yếu tố bao gồm quy mô mẫu, thời gian thu mẫu, địa điểm thu mẫu cũng nhƣ các yếu tố diễn ra trong quá trình chọn lọc tự nhiên, tỷ lệ đột biến, lƣu lƣợng gen giữa các quần thể và các yếu tố con ngƣời. Nhóm Bảng 4: Đa dạng hap otype và đa dạng nucleotide của các quần đàn cá Tra trên vùng gen Cyt b Quần đàn Số mẫu Số lƣợng haplotype Đa dạng haplotype (± SD) Đa dạng nucleotide (± SD) Cá nuôi P. Bến Tre ,356±0,159 0,00091± 0,00041 Cá nuôi P. Viện ,667±0,163 0,00323± 0,00109 Cá nuôi Cá tự nhiên Cá tự nhiên Cá tự nhiên P. An Giang ,844±0,0106 0,00924± 0,00267 N. Bến Tre ,689±0,104 0,00323±0,00085 N. Sóc Trăng N. An Giang ,711±0,117 0,00227±0, ,867±0,085 0,00443±0,00104 Tổng số ,713±0, ,00408±0,00084 Kết quả phân tích đa dạng di truyền các quần đàn cá tra trên vùng gen Cyt b (hình 4, bảng 3) trong nghiên cứu này chỉ ra rằng 13 haplotype phân bố rất khác nhau đối với từng quần đàn. Haplotype 1 và haplotype 2 xuất hiện ở tất cả các quần đàn với số lƣợng trình tự khác nhau, trong đó haplotype 1 xuất hiện ở 8/10 trình tự của quần đàn P. Bến Tre và 6/10 trình tự thuộc quần đàn P. Viện 2. Tổng số haplotype 1 và 2 xuất hiện trong các quần đàn cá Tra nghiên cứu lần lƣợt là 27 (chiếm 45%) và 18 trình tự (chiếm 30%). Các haplotype còn lại chứa lần lƣợt từ 1 đến 2 trình tự và phân bố rải rác ở các quần đàn nghiên cứu. 27

8 T. T. T. Hà, N. T. Hương, N. P. Thảo, T. N. Á. Hằng / Mức độ đa dạng di truyền của một số quần đàn Bảng 5: Phân bố haplotype trên 6 quần đàn cá Tra nghiên cứu Kiểu haplotype P. Bến Tre P. Viện 2 P. An Giang Tên quần đàn cá Tra N. BếnTre N. Sóc Trăng N. An Giang Hap Hap Hap Hap Hap Hap Hap Hap Hap Hap Hap Hap Hap Tổng số Mối quan hệ giữa các quần đàn cá Tra trong nghiên cứu đƣợc đánh giá dựa trên kết quả phân tích khoảng cách di truyền (bảng 4). Trong nghiên cứu này, khoảng cách di truyền giữa các quần đàn thấp (0, ,00687), cho thấy 6 quần thể cá Tra có quan hệ di truyền khá gần gũi. Giữa các quần đàn cá Tra thu tự nhiên, khoảng cách di truyền từ 0,00164 đến 0, Trong khi đó, giữa các quần đàn cá Tra nuôi dao động từ 0,00314 đến 0, Mặt khác, khoảng cách di truyền giữa quần đàn cá Tra nuôi và cá Tra tự nhiên nằm khoảng 0,002 đến 0,007; thể hiện không có sự khác biệt đặc trƣng quần đàn cá Tra nuôi và cá Tra tự nhiên. ết quả này phù hợp với tập tính di cƣ kiếm ăn tự nhiên của loài và cũng cùng kết quả với [9] khi đánh giá quần đàn cùng khu vực nghiên cứu. Ngoài ra, khi tiến hành phân tích đa dạng di truyền sử dụng 5 chỉ thị microsatellite của 6 quần đàn cá Tra nuôi và 3 quần đàn cá tự nhiên, tác giả đã nhận thấy các quần đàn cá tự nhiên có đa dạng alen thấp (Ar = 4,89-5,98) và không có sự khác biệt về mặt di truyền so với các quần đàn cá nuôi. Bên cạnh đó, nghiên cứu khác sử dụng 5 locus microsatellite để điều tra các mức độ biến đổi di truyền của 4 quần đàn cá Tra nuôi ở Đồng Tháp và An Giang và 2 quần đàn tự nhiên đƣợc thu ở sông Mê Kông. Kết quả cho 28

9 thấy không có sự khác biệt di truyền giữa các quần đàn nghiên cứu đƣợc thể hiện qua thông số F ST = 0,003. ết quả phân tích ANOVA cũng cho thấy không có sự khác biệt về di truyền giữa các quần đàn tự nhiên và quần đàn cá nuôi trong khi sự biến đổi trong nhóm là đáng kể. Bảng 6: Khoảng cách di truyền giữa các quần đàn cá Tra nghiên cứu P. Bến Tre P. Viện 2 P. An Giang N. Bến Tre N. Sóc Trăng N. An Giang P. Bến Tre P. Viện 2 0, P. An Giang 0, , N. Bến Tre 0, , , N. Sóc Trăng 0, , , , N. An Giang 0, , , , , Mạng lƣới haplotype đƣợc xây dựng dựa trên 13 haplotype từ 60 trình tự gen Cyt b của 6 quần đàn cá Tra. Kết quả (hình 5) cho thấy mối quan hệ giữa các haplotype có trong các quần đàn cá Tra nghiên cứu trong đó haplotype 1 và haplotype 2 là hai haplotype phổ biến. Ngoài ra, mạng lƣới haplotype, đặc biệt là nhóm haplotype 12, 6, 7 và 8 cũng chỉ ra rằng quần đàn cá N. An Giang và P. An Giang có mối quan hệ gần gũi. Hình 5: Mạng ưới haplotype được xây dựng từ 60 trình tự gen Cyt b DNA ty thể thuộc 6 quần đàn cá Tra nghiên cứu Nhƣ vậy, có thể nhận thấy các quần đàn cá Tra trong nghiên cứu này có mối quan hệ di truyền khá gần, ngay cả khi so sánh giữa 3 quần đàn cá Tra thu từ tự nhiên với 3 quần đàn cá Tra có nguồn gốc từ các trại sản xuất. Nói cách khác, không tìm thấy cấu 29

10 T. T. T. Hà, N. T. Hương, N. P. Thảo, T. N. Á. Hằng / Mức độ đa dạng di truyền của một số quần đàn trúc đặc trƣng cho quần đàn cá Tra tự nhiên và quần đàn nuôi trong nghiên cứu. Theo [2], kết quả này có thể do thời gian thuần hóa của các quần đàn cá Tra Việt Nam (1-2 thế hệ) chƣa đủ lâu để có cấu trúc di truyền đặc trƣng. Thêm vào đó, việc thu thập thêm cá tự nhiên làm cá bố mẹ của một số trại sản xuất cũng là một trong những nguyên nhân làm tăng mối quan hệ di truyền giữa các quần đàn này. Ngoài ra, một số cá thể cá Tra có thể thoát khỏi trại sản xuất quay lại sông, kênh, suối tiếp tục giao phối với cá tự nhiên cũng là một trong những lý do dẫn đến mất khả năng hình thành cấu trúc di truyền đặc trƣng của mỗi nhóm cá Tra trong nghiên cứu này. 4. KẾT LUẬN Quần đàn cá Tra tự nhiên An Giang có chỉ số đa dạng haplotype cao nhất (0,867) và quần đàn cá Tra nuôi An Giang có đa dạng nucleotide cao nhất (0,00924). Quần đàn cá Tra nuôi thu ở Bến Tre có chỉ số đa dạng haplotype thấp nhất và quần đàn cá Tra tự nhiên thu ở N. Sóc Trăng có chỉ số đa dạng nucleotide thấp nhất (0,00227). hoảng cách di truyền giữa các quần đàn cá Tra thấp và không có sự khác biệt di truyền đáng kể giữa 03 quần đàn cá Tra tự nhiên và 03 quần đàn cá Tra nuôi. Kết quả nghiên cứu phần nào phản ánh mức độ đa dạng di truyền cũng nhƣ mối quan hệ của các quần đàn cá Tra ở Đồng bằng sông Cửu Long giúp quản lý nguồn lợi, bảo tồn nguồn gen cũng nhƣ thực hiện các hoạt động thủy sản về cá Tra đƣợc đúng hƣớng hơn. TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] Bandelt H. J., Forster P. and Rohl A., Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies, Mol. Biol. Evol, Vol. 16, 1999, pp [2] Ha P. H., An N. T. T., Trieu N. V., Yen D. T., Na-Nakorn, U. Nguyen. T. T. T., Some technical and management aspects of catfish hatcheries in Hong Ngu District, Dong Thap Province, Vietnam, Aquac. Asia Mag., October-December, 2008, pp [3] Federica B., Dinesh V., Maria C. C., Fabio C., Mauro V., Maria L., Busetto A.B. and Vittorio M. M., Cytochrome oxidase-i sequence based studies of commercially available Pangasius hypophthalmus in Italy, Italian Journal of Animal Science Vol. 14, 2015, pp [4] Frankham R., Ballou J.D., and Briscoe D.A., Introduction to Conservation Genetics, 2 nd Edition, Cambridge University Press Cambridge, UK, [5] Hall T., BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT, Nucl. Acids. Symp. Ser. 41, 1999, pp [6] Karinthanyakit W., Jondeung A., Molecular phylogenetic relationships of Pangasiid and Schilbid catfishes in Thailand, Journal of Fish Biology, Vol. 80, No. 7, 2012, pp [7] Maria H., W.S. Lakra., Vindhya M., Praveen K., A. S. Barman., Akanksha S., Kuldeep K. L., Peyush P., Asif A.K., Evaluation of cytochrome b mtdna sequences in genetic diversity studies of Channa marulius (Channidae: Perciformes), Mol Biol Evol. Vol. 38, 2009, pp

11 [8] Ma C., Cheng, Q., Zhang, Q., Zhuang, P., Zhao Y., Genetic variation of Coilia ectenes (Clupeiformes: Engraulidae) revealed by the complete cytochrom b sequences of mitochondrial DNA, Fisheries Science, Vol. 77, No. 5, 2010, pp [9] So Nam, Van Houdt J.K.J. and Volckaert F.A.M., Genetic diversity and population history of the migratory catfishes Pangasianodon hypophthalmus and Pangasius bocourti in the Cambodian Mekong river, Fisheries Science, 2006, pp [10] Russell V.J., Hold, G.L., Pryde S.E., Rehbein H., Quinteiro, J., Rey-Mendez M., Sotelo, C.G., Pérez-Martin R.I., Santos, A.T., Rosa C., Use of restriction fragment length polymorphism to distinguish between salmon species, J. Agric. Food Chem., Vol. 48, 2000, pp [11] Tamura K., Dudley, J., Nei M. and Kumar S., MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0, Molecular Biology and Evolution, Vol. 24, 2007, pp [12] Yamamoto Y., Murata, K., Matsuda H., Hosoda, T., Tamura, K., Furuyama, J. Determination of the complete nucleotide sequence and haplotypes in the D-loop region of the mitochondrial genome in the Oriental white stork, Ciconia boyciana, Genes & Genetic Systems, Vol. 75, No. 1, [13] Wolf C., Hübner, P. and Lüthy, J., Differentiation of sturgeon species by PCR-RFLP, Food Research International, Vol. 32, 1999, pp SUMMARY GENETIC DIVERSITY OF TRA CATFISH POPULATIONS IN VIETNAM USING CYTOCHROME B GENE In this study, cytochrome b gene sequence was applied to explore the genetic diversity and structure of Tra catfish populations (Pangasianodon hypophthalmus) collected in Mekong Delta. The results showed that a total of 13 haplotypes were appeared in the sixty sequences of six populations. The level of haplotype diversity and nucleotide diversity of the populations was from 0,356±0,159 to 0,867±0,08 and from 0,00091±0,00041 to 0,00924±0,00267, respectively. The genetic distance between the populations is low, with no significant genetic differences between wild populations and aquaculture productions. 31